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常用化学软件综述篇,经典再现,看了不后悔(转

发布时间:2017-12-03 阅读:

  常用的化学软件评论文章,经典再现,阅读无悔(转载)

  常用化学软件评论文章,经典再现,阅读无悔(转载)计算机作为化学学习和研究工具有着不可替代的作用。它不仅有助于我们做文书工作,如书写和图形,而且还可以帮助我们在化学学习和研究的各个方面更快更好地工作。本章介绍一些您可以在PC上使用的常用化学软件,以帮助您在自己的学习和研究中做出有效和快速的选择。市场上编辑软件的化学结构化学结构多,各有所长。这两种商品,也为教育和家庭免费。其主要功能是描绘化合物的结构,化学反应方程式,化学流程图,简单的实验安装计划等化学常用图形绘制。常用的软件有:ChemDraw,ChemWindow,ISIS Draw,ChemSketch等。前两个是商业软件,有关它们的信息可以在http://www.camsoft.com/和http://www.sadtlersuite.com/上分别找到,最新版本分别是6.0和6.5。最后两个是教育和家庭使用的免费软件,可以在各自的网站上下载,分别是http://www.mdli.com/和http://www.acdlabs.com/,最新版本分别为2.2和4.0。 ChemDraw是目前最常用的结构化编辑软件,除了上述的一般功能之外,超级版本还可以预测分子的常见物理和化学性质,如:熔点,发热量;结构按照IUPAC原则;预测质子和碳13化学位移等。 ChemWindow最突出的特点之一就是与光谱相结合。它的6.5光谱版本包括一个大约50,000个13C NMR(高达250Mhz)的数据库,因此其预测更准确;除了从化合物置换结构预测的13C NMR化学,还可以预测红外光谱,质谱等,但也可以读入NMR,IR,Raman,UV和色谱图的标准格式。虽然这些程序可以画出非常好的二维化学结构,但除了ChemSketch之外,要展现三维化学结构是非常困难的,必须依靠一些专门的3D软件来实现。三维结构着名的化学三维结构显示和渲染软件:Chem3D,WebLab Viewer Pro,RasWin,ChemBuilder 3D,ChemSite等,它们能够线框(线框),球棍,球棍, CPK和色带(色带)等多种模式显示化合物的三维结构。其中RasWin和WebLab Viewer Lite版本只能显示但不能编辑免费软件的三维分子模型,RasWin可以在几乎所有的化学软件站点找到,Download WebLab Viewer是http://www.msi.com/。和ChemDraw一样,Chem3D是ChemOffice的一部分,可以和ChemDraw很好地协作。 ChemDraw上绘制的2D结构会自动转换为3D结构。其超版本还包括一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC 97,并可以连接着名的Gaussian98算盘计算程序,作为其输入和输出接口。量子化学结果可以以三维显示,例如分子轨道,电荷密度分布等等。 WebLab Viewer的专业版能够代表生物分子和晶体结构。从下图可以看出:数据处理化学数据处理多种多样,不同的数据处理要求应该使用不同的软件来完成。通用软件如:Origin,SigmaPlot之类可能需要数学处理实验数据,统计分析,傅立叶变换,T检验,线性拟合和非线性拟合;绘制二维和三维图形,如:散点图,条形图,折线图,饼图,面积图,曲面图,等高线图等。 Origin的最新版本6.0,其演示版本可从http://www.originlab.com/下载,SigmaPlot 2000的最新版本,评估版本可从http://www.spss.com/下载。原始数据生成的二维和三维图形:NMR数据处理软件:NUTS,MestRe-C,Gifa,NUTS可以处理一维和二维核磁共振数据,其功能包括傅里叶变换,相位校正,模拟谱,匀场练习等几乎所有核磁共振仪的操作软件的功能都很小(3M),成本只有几千美元,演示版可以从http://www.acornnmr.com/下载; MestRe-C Perfect用于处理免费的1D核磁共振数据软件,最新版本为2.3,有兴趣的人可以查看http://qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html下载的信息; Gifa can处理从一维到三维的核磁共振数据,在免费软件上运行LINUX操作系统X-Window,可以找到信息在http://www.cbs.univ montp1.fr/GIFA/。由坚果:GRAMS / 32产生的一维和二维核磁共振谱图可用于色谱,红外和拉曼等实验数据的处理。欲了解更多信息,请访问公司网站http://www.galactic.com/免费试用CDROM文件管理在收集参考文件的过程中,文件管理程序可以帮助您组织和安排收集到的内容。研究论文的撰写,这样的程序允许你直接在文字处理中插入参考文献,并根据需要自动生成规定格式的参考文献,这些文献的代表有:EndNote 4,Reference Manager和ProCite等。在文献整理的过程中可以直接插入到参考文档中,生成一个杂志定义的参考文献列表,不同的是EndNote 4对中文版的文字处理程序如Word的兼容性问题,导致Word其他两个程序没有这样的麻烦,程序的演示版或测试版可以在http://www.niles.com/(EndNote)和http ://www.risinc.com/(参考管理9.5,ProCite 5.0)。原子分辨率,有机化合物的分析,红外,核磁共振和质谱有时是一个非常困难的任务,特别是复杂的化合物光谱分析更是如此。核磁共振谱的分析目标化合物的化学位移可以使用软件如ChemnMR,C13模块for ChemWindow,gNMR等软件进行估算或模拟,以帮助鉴定化合物。 ChemNMR是ChemDraw Ultra版本的插件,可用于估算大多数有机化合物的1H,13C化学位移和线图中的相应图谱。 ChemWindow的C13模块是ChemWindow的一个插件,可以用来估算13C。化学位移gNMR可以用来估算任何核磁共振激活核心的化学位移,并创建一个非常实际的图谱。包含在软件包中的几种工具(gSPG,gCVT)也用于处理1D NMR数据。可以与模拟谱图相比较,程序信息和演示版本可以参考http://www.cherwell.com/二维核磁共振分析可以用Sparky程序,尤其对于复杂的2D NMR分析是非常有用的。 IR Mentor Pro和IR SearchMaster是专门设计用于帮助分析红外光谱的工具,允许他们自动分析和处理给定的红外光谱数据,或给出可能的功能组,以给定振动光谱。演示版本可以在ftp://ftp.softshell.com/pub/ MassSpectra模拟器是一个质谱模拟程序,关于这方面的信息可以在http://members.aol.com/gjlinker找到。另外,ChemWindow 6.0光谱学中还有质谱辅助工具。计算机辅助教学使用电脑动画,多媒体等功能帮助学习一些更抽象的是一个非常有用的工具。这类软件市场非常大,数量众多。这里只介绍两种有机合成路线的设计和有机化合物的命名工具。 CHAOS项目早些时候出现了“有机化学在行动”一书,这是一个简短而方便的程序,它使用“反向排序法”自动查找目标的合成材料。早些时候有人介绍说,ChemDraw的超级版本包含IUPAC有机物命名法,因为它包含了一个Beilstein AutoNom 2.0命名软件;事实上,今年该公司推出了AutoNom 4.0版本,这个版本比给予更强大的除了IUPAC的名称之外,还给出了CAS名称,增加了对立体化学的支持。该软件的演示版本可以从http://www.beilstein.com/网站下载。量子化学量子化学分子结构和性质的解释和预测是不可替代的工具。但是对于大多数化学家来说,理解量子化学计算的每一个细节都是不可能的或者不必要的,我们只关心结果。与计算分子结构和性质有关的程序已逐渐成为化学研究中不可或缺的工具:WinMOPAC计算着名的半经验分子轨道(AM1,PM3,MINDO,MNDO / 3等)的MOPAC程序的商业版本。与共享版本相比,界面更友善,方式更多。计算出的分子轨道和电荷密度可以用三维图表示。最新版本的2000.信息可以在http://www.winmopac.com/网站上找到。 PC Spartan WaveFunction公司的产品,分为标准版,加版和专业版,随后增加了功能,其计算方法包括:MM2,AM1,AM1与溶剂,PM3,从头计算,还有分子轨道电荷密度和其他三维图形,信息可以在http://www.winmopac.com/网站上找到;此外,公司还有一个Titan程序,这将在本文后面进行描述,HyperChem比PC Spartan更强,包括几乎所有常用的分子力学和半经验分子轨道方法,以及从头计算的各种基组,以及振动光谱学,电子光谱学,分子动力学等。所获得的结果可以是非常漂亮的三维图形表达,它的网站是http://www.hyper.com/,你可以下载测试版本。Gamess是一个免费的从头计算程序,速度快,提供源代码码。但是对于DOS界面的界面,必须手动输入分子结构和计算相关的命令,比较复杂。有关信息可以在http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html找到。另外,Visualize是一个专门为Gamess设计的用户界面,使得结构和命令输入更加简单,并以3D方式计算结果。该软件也是免费的,可以从http://www.compbio.net/下载高斯在量子化学领域是着名的,支持常用的半经验方法,从头计算方法和密度泛函理论,及其用户界面不够友好。但Chem3D添加CS高斯客户端插件后,用户可以简化。该网站在http://www.gaussianinc.com/。捷豹是薛定谔的从头计算和密度功能计算程序,专为使用诸如SGI,HP,DEC和Linux操作系统等工作站的个人电脑而设计,而且速度快且用户友好,其网站是http://www.schrodinger.com / Titan是设计PC Spartan的WaveFunction公司和设计Jaguar的薛定谔(Schrodinger)的合作,它支持半经验方法,从头计算和密度泛函计算,并且具有用户友好的界面,但功能相对较弱此外,最初由牛津分子有限公司开发并由日本富士通公司收购的CAChe计划是为使用强大的量子化学计划的实验化学家设计的,但价格相对昂贵

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